O CEUBAN – Centro de Estudos Unificados Bandeirante iniciou suas atividades em 20 de junho de 1968, sob a antiga denominação de Sociedade Civil de Educação Física de Santos.
• Em abril de 1969, foi criada a sua primeira faculdade – Faculdade de Educação Física, que funcionava nas dependências do Brasil Futebol Clube. Atualmente, a Faculdade de Educação Física – FEFIS está instalada no Campus II (Av. Cons. Nébias, 536);
• A partir de 1972, começou a funcionar a Faculdade de Educação e Ciências Humanas “Prof. Laerte de Carvalho”, oferecendo os cursos de Pedagogia e Estudos Sociais. No mesmo ano, teve início a Faculdade de Ciências Comerciais e Administrativas de Santos, com os cursos de Administração de Empresas e Administração de Empresas com ênfase em Comércio Exterior, o primeiro curso do gênero no país;
• Em 1976, a instituição criou a Faculdade de Odontologia de Santos, oferecendo o curso de Odontologia e especialização nas áreas de prótese, endodontia, ortodontia e odontopediatria. A Faculdade de Odontologia, hoje, oferece cursos de especialização em 12 áreas, além de contar com diversas modalidades de clínicas para atendimento odontológico à comunidade, atingindo uma média de 500 procedimentos por dia;
• Nos anos 80, a UNIMES iniciou o curso de Ciências Econômicas (86), dentro da estrutura administrativa e acadêmica da Faculdade de Ciências Administrativas e Comerciais. Ainda em 1986, realizou alterações na estrutura organizacional, estabelecendo a fusão da Faculdade de Ciências Comerciais e Administrativas de Santos com a Faculdade de Economia. Dessa coalizão surge a Faculdade de Ciências Contábeis;
• Em 1992 começou a oferecer outro curso pioneiro na Região, o curso de Marketing. Em 1996, instituiu o curso de Administração de Empresas com ênfase em Transportes e Logística. Neste ano, iniciou também a Faculdade de Engenharia e Ciências Tecnológicas, oferecendo os cursos de Engenharia de Alimentos, Engenharia da Computação, Ciência da Computação e Engenharia da Produção (Química);
• Ainda em 1996, teve início a Faculdade de Medicina Veterinária, assim como o primeiro Hospital Universitário de Medicina Veterinária (HOVET), que, atualmente, funciona nas instalações do Campus IV- Morro da Nova Cintra;
• Em 1997, inaugurou a sua Faculdade de Direito. No mesmo ano (97), a instituição iniciou as atividades da Faculdade de Ciências da Saúde com o curso de Medicina. Medicina se tornou um núcleo gerador de conhecimentos, procurando integrar o ensino, a pesquisa e a educação médica continuada na própria região. Consolidando sua atuação no campo da saúde, em 2001, foi criado o curso de Enfermagem que passou a ser oferecido a partir de 2002.
No campo da pós-graduação, além dos cursos de especialização que estão direcionados, especialmente, para a área da saúde, a Instituição passou a oferecer também cursos nas áreas de conhecimento dos novos cursos que foram se consolidando. Além disso, a UNIMES possui um curso de mestrado (pós-graduação stricto sensu) nas áreas de Filosofia do Direito e Direitos Difusos e Coletivos oferecido pela Faculdade de Direito.